击败肉山后,游戏世界会永久性地转变为困难模式,这是后续所有操作的起点。在此阶段,怪物的强度会显著提升,神圣之地与腐化或猩红之地开始在世界蔓延,同时也会解锁全新的矿物与资源。玩家当前最紧要的任务,是立即使用肉山掉落的神圣之锤,前往腐化之地或猩红之地的地下,摧毁恶魔祭坛或猩红祭坛。每摧毁一个祭坛,世界便会随机生成一种新的困难模式矿石,按顺序为钴蓝或钯金矿、秘银或山铜矿、精金或钛金矿,这是后续装备升级的根本保障。在完成这一关键步骤后,应优先制作一把新的钻头或镐子,并尽快用最初级的矿石制作一套全新的防具,以应对陡然增强的敌人威胁。

在初步稳定生存后,应系统性地探索与收集困难模式下的核心资源。新生成的神圣之地及其地下区域是重点探索目标,这里的敌人会掉落光明之魂,而地下腐化或猩红之地则产出暗影之魂,这两种灵魂是合成诸多强力武器不可或缺的材料。也应深入洞穴层挖掘新生成的矿石,按照钴蓝或钯金、秘银或山铜、精金或钛金的顺序,逐步将工具、防具和武器升级至当前阶段的顶级水平。在此过程中,配饰的更新与合成同样不可忽视,例如将肉山前的配饰与新的材料结合,可以合成出属性更强大的新饰品,这对于提升角色的综合战斗力至关重要。

当装备得到实质性提升后,挑战机械Boss,即机械三王,便成为了推进游戏进程的必经之路。这三个强大的对手通常被认为是进阶的里程碑,玩家需要收集特定的灵魂材料来制作它们的召唤物。击败它们不仅会掉落用于制作神圣套装备或更强力武器的重要材料,还会直接触发世界的进一步变化,例如世纪之花的花苞开始在丛林中生长。成功击败世纪之花后,玩家将获得进入丛林神庙的钥匙,从而能够挑战其中的守护者石巨人。这一系列的战斗是通往游戏最终章节的核心路径。

完成丛林神庙的挑战后,游戏的最终阶段随即展开。此时需要前往地牢入口,击败那里出现的拜月邪教徒,此举将直接触发月亮事件。世界中将出现四根天界柱,玩家需要清除每根柱子周围的敌人以解除其护盾,并将其逐一摧毁。在四根天界柱全部被击败后,游戏的最终Boss月球领主便会降临。击败月球领主标志着游戏主线剧情的基本完结,但游戏高度开放的世界允许玩家在此之后继续自由地探索、建造与完成各种收集目标。整个困难模式的过程,是一个装备、资源与挑战环环相扣,逐步递进的严谨流程。